Afin de protéger les Trois-lacs, dès 1974, un groupe de citoyens et les municipalités entourant le lac Trois-Lacs s'est formé pour poser des actions visant à corriger des problématiques identifiées. Depuis janvier 2005, ce comité de protection porte le nom d'Association des résidents des Trois-Lacs. Ce comité travaille de concert avec la Corporation de protection et de développement du bassin versant des Trois-Lacs (Pro-VerTL), laquelle regroupe les municipalités de Wotton, Trois-Lacs, St-Rémi-de-Tingwick et Tingwick.

Les deux organismes ont pour mission d'améliorer le lac Trois-Lacs et ont mis sur pied plusieurs initiatives afin de contrer l'eutrophisation qui menace cette étendue d'eau. En effet, la prolifération d'algues et les dépôts de sédiments gagnent en terrain à chaque année.

Au sortir des audiences du BAPE en 2009, un projet de dragage sur les Trois-Lacs verra le jour dès l'automne. L'objectif est de retirer un total de 28 845 mètres cubes de sédiment des Trois-Lacs dans 12 secteurs bien précis. Ce faisant, une quantité importante d'algues sera retirée et le tout aura pour effet de contrer l'eutrophisation du bassin d'eau. L'impact environnemental de ces travaux sera évalué rigoureusement.